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找到原因：是经典编辑器的问题，WordPress 经典编辑器侧边分类勾选框原生特性，如果你直接使用区块编辑器，它原生就不会把勾选分类置顶，树形层级完整保留，就不会有栏目层级变化的问题。新建文章是空列表，按树形层级展示；保存重新进入编辑时，所有已勾选分类直接挪到列表最顶部，破坏父子缩进层级。
解决办法：
1、直接舍弃经典编辑器，采用新版的区块编辑器。
2、安装Taxonomy Checklist Tree这个插件，专门解决这个问题，作用就是关闭`checked_ontop`，保留树形缩进。
3、代码魔法：
add_filter( 'wp_terms_checklist_args', 'disable_category_checked_ontop', 10, 2 );
function disable_category_checked_ontop( $args, $post_id ) {
    // 针对文章分类 taxonomy=category
    if ( $args['taxonomy'] === 'category' ) {
        $args['checked_ontop'] = false;
    }
    return $args;
}

添加上面的代码加到主题 functions.php或者 自定义插件 Code Snippets 插件中，保存后，进入文章编辑页，分类列表永久保持树形层级，勾选不会跑到顶部。